Thành phố New York là nơi có hai trạm đường sắt bận rộn nhất tại Hoa Kỳ trong đó có Nhà ga Grand Central được nhìn thấy trong hình này.

Không như mọi thành phố lớn khác tại Hoa Kỳ, chuyên chở công cộng là kiểu chuyên chở phổ biến nhất của New York. Khoảng 54,6% người dân New York ra vào thành phố làm việc trong năm 2005 sử dụng giao thông công cộng.[183] Khoảng một phần ba số người sử dụng giao thông công cộng tại Hoa Kỳ và hai phần ba số người sử dụng giao thông đường sắt trên toàn quốc sống trong vùng đô thị Thành phố New York.[184][185] Điều này trái ngược với phần còn lại của quốc gia, nơi có khoảng 90% người ra vào thành phố làm việc bằng xe hơi.[186] New York là thành phố duy nhất tại Hoa Kỳ có hơn phân nửa hộ gia đình không có xe hơi. Tại Manhattan, hơn 75% cư dân không có xe hơi trong khi tỷ lệ của toàn quốc là 8%.[186] Theo Cục điều tra dân số Hoa Kỳ, cư dân New York bỏ ra bình quân 38,4 phút mỗi ngày để đi đến nơi làm việc - thời gian đến nơi làm việc dài nhất trong số những thành phố lớn trên toàn quốc.[187]

Ga Spring st

Hệ thống xe lửa Amtrak phục vụ Thành phố New York tại Ga Pennsylvania. Amtrak phục vụ nối đến các thành phố Boston, Philadelphia và Washington, D.C. dọc theo tuyến Hành lang Đông Bắc cũng như phục vụ tuyến đường dài đến các thành phố như Chicago, New Orleans, Miami, Toronto và Montreal. Ga xe buýt Cơ quan Quản lý Cảng (Port Authority Bus Terminal), ga xe buýt chính liên thành phố của thành phố, phục vụ 7.000 xe buýt và 200.000 người ra vào thành phố để làm việc hàng ngày. Vì thế nó trở thành ga xe buýt bận rộn nhất trên thế giới.[188]

Tàu điện ngầm Thành phố New York (New York City Subway) là hệ thống trung chuyển nhanh lớn nhất trên thế giới khi tính về số lượng các nhà ga hoạt động, gồm 468 nhà ga. Nó là hệ thống lớn thứ ba khi tính về số lượng người đi xe điện hàng năm (1,75 tỉ lượt người đi trong năm 2015) [189]. Xe điện ngầm New York cũng nổi tiếng vì gần như toàn bộ hệ thống này phục vụ 24 tiếng mỗi ngày, khác với các hệ thống tại nhiều thành phố khác là thường hay ngưng phục vụ qua đêm trong số đó có London Underground, Paris Métro, Tàu điện ngầm Washington, Madrid Metro và Tàu điện ngầm Tokyo. Hệ thống chuyên chở tại Thành phố New York rộng khắp và phức tạp. Nó gồm có cầu treo dài nhất (cầu Verrazano-Narrows) tại Bắc Mỹ,[190] đường hầm có hệ thống cơ học thông hơi đầu tiên trên thế giới (Đường hầm Holland),[191] hơn 12.000 xe taxi màu vàng,[192] một đường xe cáp (Roosevelt Island Tramway) chuyên chở những người ra vào làm việc giữa đảo Roosevelt và quận Manhattan, và một hệ thống phà nối liền quận Manhattan với những vùng địa phương lân cận khác nhau trong phạm vi bên trong và ngoài thành phố. Phà bận rộn nhất tại Hoa Kỳ là Phà Đảo Staten hàng năm chuyên chở trên 19 triệu hành khách trên một thủy lộ dài 8,4 km (5,3 dặm Anh) giữa Đảo Staten và Hạ Manhattan. Hệ thống trung chuyển nhanh tên Staten Island Railway chỉ phục vụ quận Đảo Staten. Đường sắt "PATH" (viết tắt của Port Authority Trans-Hudson, nghĩa là Cơ quan Quản lý Cảng Trans-Hudson) nối hệ thống xe điện Thành phố New York đến các điểm trong đông bắc tiểu bang New Jersey.

Đội xe buýt và hệ thống đường sắt công cộng nội thành của Thành phố New York là lớn nhất Bắc Mỹ.[184] Hệ thống đường sắt nối các khu ngoại ô trong Vùng ba-tiểu bang đến thành phố gồm có Đường sắt Long Island, Đường sắt Metro-North và New Jersey Transit. Các hệ thống kết hợp này gặp nhau tại Ga Grand Central và Ga Pennsylvania và gồm có hơn 250 ga và 20 tuyến đường sắt.[184][193]

Tòa nhà Trung tâm Chuyến bay của TWA tại Phi trường Quốc tế John F. Kennedy

Thành phố New York là cửa ngõ hàng đầu cho hành khách hàng không quốc tế đến Hoa Kỳ.[194] Khu vực có sân bay lớn phục vụ, đó là Phi trường Quốc tế John F. Kennedy, Phi trường Quốc tế Newark Liberty và Phi trường LaGuardia. Có kế hoạch mở rộng một sân bay thứ tư là Phi trường Quốc tế Stewart gần Newburgh, NY. Phi trường này do Cơ quan Quản lý Cảng New York và New Jersey (đây là cơ quan điều hành ba phi trường lớn vừa nói ở phần trên) trưng dụng và mở rộng để làm một phi trường "dự phòng" để giúp đối diện với số lượng hành khách ngày càng đông. 130.5 triệu hành khách sử dụng ba phi trường trong năm 2016 và không lưu của thành phố là nơi bận rộn nhất tại Hoa Kỳ [195]. Du lịch ra nước ngoài khởi hành tại các phi trường John F. Kennedy và phi trường Newark chiếm 1/4 tổng số khách du lịch Hoa Kỳ đi ra nước ngoài trong năm 2004.[196]

New York City Subway là hệ thống chuyên chở công cộng lớn nhất thế giới tính theo số lượng các nhà ga và chiều dài đường sắt.

Nhờ vào tỉ lệ cao số người sử dụng chuyên chở công cộng, 120.000 người dùng xe đạp đi lại hàng ngày[197] và nhiều người đi bộ để đến nơi làm việc nên Thành phố New York trở thành thành phố lớn sử dụng năng lượng có hiệu quả nhất tại Hoa Kỳ.[51] Đi bộ và đi xe đạp chiếm 21% giao thông tại thành phố; tỉ lệ trung bình cho các vùng đô thị trên toàn quốc là khoảng 8%.[198]

Để bổ sung hệ thống chuyên chở công cộng to lớn của New York, thành phố cũng có một hệ thống rộng khắp gồm các xa lộ tốc hành và đường công viên (parkway) nối Thành phố New York với phía bắc tiểu bang New Jersey, quận Westchester, Long Island, và tây nam tiểu bang Connecticut bằng nhiều cầu và đường hầm. Vì những xa lộ này phục vụ hàng triệu cư dân ngoại ô ra vào New York làm việc nên chuyện những người lái xe bị kẹt xe hàng giờ trên các xa lộ này là chuyện thường thấy mỗi ngày, nhất là vào giờ cao điểm. Cầu George Washington được xem là một trong số các cây cầu bận rộn nhất trên thế giới tính theo lượng xe lưu thông.[199]

Mặc dù Thành phố New York phụ thuộc vào chuyên chở công cộng nhưng đường sá của thành phố cũng được xem là một đặc điểm đáng chú ý của thành phố. Bảng quy hoạch đường phố Manhattan năm 1811 có ảnh hưởng rất lớn đối với sự phát triển bề mặt thành phố. Một số đường phố của thành phố như Broadway, Phố Wall và Đại lộ Madison cũng được dùng như một hình thức ngắn gọn để gọi các ngành công nghiệp quốc gia nằm ở đó: theo thứ tự vừa kể là nhà hát (Broadway), tổ chức tài chính (Phố Wall), quảng cáo (Đại lộ Madison).